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氣相色譜質譜聯用儀分類有多種。

1、按分析規模可分：小型氣相色譜質譜聯用儀和大型氣相色譜質譜聯用儀。

2、按分辨率可分：低分辨氣相色譜質譜聯用儀、中分辨氣相色譜質譜聯用儀和高分辨氣相色譜質譜聯用儀。

3、按質量分析器的時空屬性可分：時間型氣相色譜質譜聯用儀和空間型氣相色譜質譜聯用儀。

4、按質量分析器的工作原理可分：氣相色譜四極桿質譜聯用儀、氣相色譜離子阱質譜聯用儀、氣相色譜飛行時間質譜聯用儀和氣相色譜傅里葉變換質譜聯用儀等。

5、按用途可分：生物氣相色譜質譜聯用儀、制藥氣相色譜質譜聯用儀、化工氣相色譜質譜聯用儀、食品氣相色譜質譜聯用儀、醫用氣相色譜質譜聯用儀和酒精氣相色譜質譜聯用儀等。